Это невозможно при текущей структуре магазина приложений.Если вы не осуществляете какое-то внутреннее распространение с использованием лицензии разработчика для предприятия, то единственный способ получить приложение - через ссылку в магазине приложений.
Если вы думаете об использовании какого-то ограниченного специального дистрибутива, вам все равно придется использовать itunes или iPhoneConfigurator для его установки.