Просто угадайте здесь, потому что я не пробовал, но когда вы добавляете веб-часть на страницу, вы по сути настраиваете эту страницу для этого конкретного сайта. Местоположение веб-части хранится в базе данных контента только для этой отдельной страницы.
Когда вы сохраняете сайт как шаблон, вы просто сохраняете структуру, поэтому при подготовке нового сайта настраиваемая страница отсутствует.