преобразовывать типы переменных при создании фрейма данных из результатов cor.test

Question

В приведенном ниже наборе данных и коде создается новый набор данных с результатами тестирования cor.test для каждого человека ('Individual_ID') из моего исходного набора данных.Как преобразовать каждую переменную из результатов cor.test в числовой тип данных, когда она передается в новый фрейм данных?Например, «оценка», «p.value» и «conf.int» должны быть числовыми, а не символьными.Во-вторых, я хотел бы, чтобы переменная conf.int представляла собой две переменные: lowlim и uplim.

## Create sample dataset
WW_Wing_SI <-
structure(list(Individual_ID = c("WW_08A_02", "WW_08A_02", "WW_08A_02",
"WW_08A_02", "WW_08A_02", "WW_08A_02", "WW_08A_02", "WW_08A_02",
"WW_08A_02", "WW_08A_03", "WW_08A_03", "WW_08A_03", "WW_08A_03",
"WW_08A_03", "WW_08A_03", "WW_08A_03", "WW_08A_03", "WW_08A_03"
), FeatherPosition = c(1, 2, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 9, 1, 2, 3, 4,
5, 6, 7, 8, 9), Delta13C = c(-18.67, -19.16, -20.38, -20.96,
-21.61, -21.65, -21.31, -20.8, -21.28, -20.06, -20.3, -21.21,
-22.9, -22.87, -21.13, -20.68, -20.58, -20.69)), .Names = c("Individual_ID",
"FeatherPosition", "Delta13C"), row.names = c(NA, 18L), class = "data.frame")

# split data frame according the the individual IDs
individual.list <- split(WW_Wing_SI, WW_Wing_SI$Individual_ID)

# apply cor.test() with extract to each element of the list
test <- as.data.frame(t(sapply(individual.list, function(temp)
                        cor.test(temp$Delta13C, temp$FeatherPosition,
                        method="pearson")[c("estimate", "p.value", "conf.int")])))

Answer 1

Вот как я это сделаю. Если вы все делаете «правильно», вывод уже в числовом формате, поэтому никакого принуждения не требуется (если нет, вы бы использовали as.numeric(object$variable)). Когда я создаю переменную inter, я вставляю нужные компоненты, чтобы можно было создавать переменные CI более низкого или более высокого уровня. Обратите внимание, что test теперь является «правильным» data.frame, с которым легче работать (вы можете легко извлечь любой элемент).

# split data frame according the the individual IDs
individual.list <- split(WW_Wing_SI, WW_Wing_SI$Individual_ID)

# apply cor.test() with extract to each element of the list
inter <- sapply(individual.list, function(temp) {
            a <- cor.test(temp$Delta13C, temp$FeatherPosition,
                    method="pearson")[c("estimate", "p.value", "conf.int")]
            out <- data.frame(cor = a$estimate, p.value = a$p.value, lowerCI = a$conf.int[1], upperCI = a$conf.int[2])
        }, simplify = FALSE)
test <- do.call("rbind", inter)
test

                  cor    p.value    lowerCI    upperCI
WW_08A_02 -0.76706752 0.01585509 -0.9481677 -0.2098478
WW_08A_03 -0.02320767 0.95274294 -0.6768966  0.6509469