В интерпретаторе python можно отключить буферизацию вывода с помощью опции -u
(хотя в ipython эта опция имеет другое значение).
Просто назовите ваш скрипт как
python -u script.py
Вы можете разместить опцию в самом script.py
:
#!/usr/bin/python -u
# -*- coding: UTF-8 -*-
import os
...
Надеюсь, это сработает: -)