Что-то не так. Обычно, когда вы переключаете ветки, неотслеживаемые файлы доставляются вместе с вами без предварительного уведомления. Вот почему они называются "неотслеживаемыми". Однако вы говорите, что неотслеживаемые файлы будут перезаписаны. Это означает, что вы создали неотслеживаемый файл в новой ветви, которая уже существует в основной ветви. Это означает, что вы должны решить, что вы хотите сделать: что оставить. Дело не в том, чтобы заставить мерзавца что-то делать, а в том, что вы не понимаете, что вы хотите от него.
Предполагая, что вы хотите как-то разрешить конфликт между двумя копиями одного и того же файла, вы можете сделать
git checkout feature_branch
git stash
git checkout master
git stash pop
А затем разрешите возникшие конфликты.