Не уверен, что это хорошее решение, но как насчет шифрования файла перед открытием базы данных и повторного шифрования после закрытия?
В любом случае, я не думаю, что есть какой-либо способданные на 100% безопасны.Всегда будет момент, когда данные будут в незашифрованном виде (когда ваше приложение их читает), и в любой момент их может получить любой.