Если вы создали проект SharePoint, как предложено cicorias, вы можете сопоставить папку CONTROLTEMPLATES (куда попадают все элементы UserControls и их файлы ссылок), щелкнув правой кнопкой мыши проект -> Добавить -> Папка сопоставления SharePoint -> ШАБЛОНЫ / CONTROLTEMPLATES.
Затем он должен автоматически создать папку внутри, которая будет называться как ваш проект SP, и в эту папку вы поместите ваш файл .html. В вашем UserControl вы бы ссылались на это так:
"~/_CONTROLTEMPLATES/SharePointProject/MyFile.html"
При развертывании решения также будет развернут файл .html, поэтому он всегда находится там, где он должен быть.