Это потому, что ширина сайта установлена на собственное разрешение дисплея iPhone. Mobile Safari никогда не увеличивает масштаб на 100% ни на одном сайте, на сайте стандартного размера, скажем (шириной 1000 пикселей), для начала он масштабируется, и вы задаете уровень масштабирования при двойном касании или с помощью жеста повышения.
Чтобы добиться того же эффекта, используйте максимальную ширину на своем сайте, чтобы соответствовать разрешению iPhone, равному 320 пикселей.
В CSS это будет сделано так:
div#wrapper
{
width: 320px;
}