Не могли бы вы открыть подробности ошибок, отображаемых для maven-compiler-plugin?
По всей вероятности, вы настроили maven-compiler-plugin с некоторыми конкретными деталями, которые не поняты / не поддерживаются M2E.
M2E пытается поддерживать как можно больше плагинов, но когда он не знает, что он будет делать или производить, и он не знает, когда уместно запустить его, он показывает ошибки такого рода.