Чтобы ответить на ваш первый вопрос, структура данных, которая слишком велика для размещения в памяти, обычно делится на «страницы», обычно все страницы имеют одинаковый размер, и каждая страница содержит часть структуры данных, чтобы использовать данные, которые вы загружать и выгружать страницы.
Другим распространенным вариантом (который обычно не используется в СУБД, но часто встречается в таких вещах, как XML и медиа-файлы) является потоковая передача, при которой данные обрабатываются по порядку путем загрузки следующего раздела и удаления предыдущего.
И это также отвечает на ваш второй вопрос, если вы используете подкачку страниц, чем структура файла представляет собой последовательность страниц одинакового размера, если вы используете потоковую передачу, тогда данные должны быть расположены в том порядке, в котором вы собираетесь их использовать (в случае дерева это, вероятно, будет порядок DFS или BFS, в зависимости от вашего приложения).