Сам ответ на ваш вопрос: ваш haproxy просто запускается с этими тремя файлами конфигурации (-f haproxy.cfg -f haproxy.http.cfg -f haproxy.https.cfg, может быть из /etc/init.d/haproxy, но пробег зависит от вашего дистрибутива).
Если вы удалите файл, он, конечно, будет жаловаться.
Это не особенно стандартно, но и неплохо, оно помогает структурировать conf, а не иметь очень длинный файл.
Задачей версии .https, безусловно, будет перенаправление трафика https на службу, которая может обрабатывать HTTPS ( stunnel или nginx обычно), поскольку haproxy не может завершить ssl соединения. (нужно исправить патч, см. на странице haproxy )
Если вы хотите объединить эти файлы в один или два, просто выясните, как запускается haproxy (проверьте файл init.d или сообщите нам, какой дистрибутив) и исправьте его соответствующим образом.