Вверху моей головы, вы должны создать файл макета xml, представляющий элемент в ListView, в котором вы бы объявили CheckBox. Затем вы можете настроить адаптер на использование макета для каждого элемента следующим образом:
ArrayAdapter<T> adapter = new ArrayAdapter<T>(this, R.layout.list_item, listReference);
setListAdapter(adapter);
setListAdapter - это метод в ListActivity. В вашем файле list_item.xml должен быть определен CheckBox.