Убедитесь, что элементы, с которыми используется PIE, имеют для них положение: относительное значение?
Если нет, убедитесь, что вы прочитали все здесь: http://css3pie.com. Возможно, выв конечном итоге решается, что для такого старого браузера не стоит иметь закругленные углы и тени - это не совсем важно, и пользователи старых браузеров, вероятно, предпочли бы, чтобы все было быстро, а не красиво.