У меня была такая же проблема, и я решил ее следующим образом:
$em=unserialize($_SESSION['entityManager']);
$_SESSION['entityManager']=serialize($entityManager);
(На самом деле, я сериализую саморазвитый объект DAOFactory, который, в свою очередь, содержит диспетчер сущностей).
Это, кажется, работает нормально для меня.
Кстати: я не использую кэш APC, потому что я хочу, чтобы у каждого пользователя был отдельный экземпляр всех объектов entityManager и DBALConnection DAO.