Запускать Дженкинса «без головы», а не через браузер:
java -jar slave.jar -jnlpUrl http://[jenkins_server]/computer/[slave-name]/slave-agent.jnlp
Напишите скрипт, содержащий эту команду, и добавьте все, что вы хотите перед ней, включая установку нового PATH.
Вы также можете указать переменные среды (или «пары ключ-значение») в конфигурации подчиненного узла. Перейдите к http://[jenkins_server]/computer/[slave-name]/configure
и снимите флажок «Переменные среды».