Это на одну роль, верно?Можете ли вы поставить свое ServiceDefinition на просмотр?Обычно это происходит потому, что вы настроили входные конечные точки или привязку.Вот тривиальный пример с 3 сайтами на 3 разных портах.
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<ServiceDefinition name="WindowsAzureProject1" xmlns="http://schemas.microsoft.com/ServiceHosting/2008/10/ServiceDefinition">
<WebRole name="MvcWebRole1">
<Sites>
<Site name="Web1" physicalDirectory="../pathtowebsite1">
<Bindings>
<Binding name="Endpoint1" endpointName="Endpoint1" />
</Bindings>
</Site>
<Site name="Web2" physicalDirectory="../pathtowebsite2">
<Bindings>
<Binding name="Endpoint2" endpointName="Endpoint2" />
</Bindings>
</Site>
<Site name="Web2" physicalDirectory="../pathtowebsite3">
<Bindings>
<Binding name="Endpoint3" endpointName="Endpoint3" />
</Bindings>
</Site>
</Sites>
<Endpoints>
<InputEndpoint name="Endpoint1" protocol="http" port="8080" />
<InputEndpoint name="Endpoint2" protocol="http" port="8081" />
<InputEndpoint name="Endpoint3" protocol="http" port="8082" />
</Endpoints>
</WebRole>
</ServiceDefinition>