Какие-либо конкретные случаи использования?
TrueCrypt поддерживает шифрование всего тома с загрузочным паролем. Я не смог подтвердить это, но я считаю, что BitLocker также требует пароль при загрузке. TrueCrypt - единственный вариант, который мне удалось найти, и он относительно зрелый. Полное шифрование диска с помощью TrueCrypt было бы прозрачным - я не уверен, что вы подразумеваете под «болтами», но я предполагаю, что вы имеете в виду, что вам не нужно монтировать зашифрованный том каждый раз при входе в систему.
Редактировать: К сожалению, нет версии FUSE для Windows. Есть библиотеки Dokan , но они не широко используются AFAIK.