Я обнаружил, что это особенная проблема для версии Eclipse (у меня есть пробная версия RAD 8) и, возможно, версии плагина m2e. Вышеупомянутое поведение (дублирование генерации дескрипторов maven) происходит только в том случае, если в мою рабочую область добавлен проект EJB. Это означает, что если я удалю проект EJB из рабочей области (без удаления содержимого на диске), так что в рабочей области будет существовать только иерархический родительский проект maven (упакованный в pom) (который содержит проект EJB, но проект EJB тогда не будет известен для затмения) тогда все работает нормально. Странно, не правда ли?!
Кстати: при текущем затмении (пакет java ee) этого не происходит, все отлично.