Скорее всего, владельцем запрещенных папок является другой, чем те, которые доступны. Пользователь, который запускает файл или его группу, должен иметь права на чтение (и иногда исполняемый файл) для файлов / папок. Поскольку вы удалили права на чтение, запись и выполнение для группы и всего мира, никто, кроме владельца файлов, не сможет их запустить.
TLDR:
Неправильный владелец файла / папки. chown, чтобы исправить пользователя.