Насколько я знаю, как правило, нет.
Интеграция Eclipse с системами управления версиями, как правило, основана на идее, что только файлы проекта фиксируются в соответствующем репозитории и соблюдаются границы файловой системы.Таким образом, материалы, не находящиеся в каталоге вашего проекта (и помеченные как внешние), не будут зафиксированы, особенно если они явно помечены как внешние.
Ваши альтернативы включают создание мягких ссылок на внешние файлы (я бы этого не допустил) илисоздание отдельного проекта eclipse (с собственным местоположением репозитория) для внешних файлов, а затем добавление зависимостей проекта.