Разница в порядке их спецификации в загрузчиках классов.
Путь к классу начальной загрузки управляется загрузчиком классов верхнего уровня при запуске виртуальной машины, которая будет выполнять приложение. (Из командной строки это указывается с помощью -Xbootclasspath)
Путь к классу пользователя - это записи, которые управляются загрузчиком классов приложения.
Любые записи в пути к классу начальной загрузки имеют приоритет перед пользовательским путем к классу.
Они инициализируются на основе проекта, содержащего приложение для запуска, но вы можете изменить их в конфигурации модуля запуска для приложения, которое вы хотите запустить в eclipse.
Относительно того, почему это не сработало: что это были за банки? Это были вещи, которые нужно было загрузить из классов времени выполнения (например, библиотеки замены XML-парсера?)
Подробнее см. http://java.sun.com/j2se/1.4.2/docs/tooldocs/findingclasses.html.
- Скотт