JavaScript-отладчики не могут определить разницу между вашим кодом и чужим кодом. Лучший вариант - установить точки останова до и после блоков кода, которые вы хотите пропустить (например, селектор jQuery), чтобы вы могли использовать функцию продолжения отладчиков, чтобы пропустить этот внешний код.
В качестве альтернативы вы можете использовать оператор debugger
для программной остановки в точках кода.