из руководства по Zend:
Примечание. Если вы используете addControllerDirectory () без имени модуля, он
установит каталог для модуля по умолчанию - перезаписать его, если он
уже существует.
поэтому укажите имя модуля, где находятся ваши пользовательские контроллеры, если это не модуль по умолчанию:
$front->addControllerDirectory('/path/to/directory', 'moduleName');
однако вы также можете добавить его в файл application.ini:
application.ini:
; resources frontController
resources.frontController.controllerDirectory[] = APPLICATION_PATH "/path/to/directory1"
resources.frontController.controllerDirectory[] = APPLICATION_PATH "/path/to/directory2"