Представьте, что модуль похож на класс. У вас уже есть один экземпляр модуля, созданный. Когда вы либо клонируете текущий экземпляр, либо создаете новый, остается только один базовый набор файлов.
Каждый экземпляр модуля содержит свои индивидуальные настройки, поэтому они не должны конфликтовать друг с другом.
Я не могу придумать причину, по которой вам нужно настроить базовые файлы. Если вы обнаружите необходимость, лучше всего скопировать все файлы из исходного модуля и использовать их в качестве основы для создания собственного - совершенно нового - модуля с новым именем, новыми именами классов и т. Д.