FileReader - относительно новое дополнение к JavaScript, и, поскольку Internet Explorer устарел, он пока не поддерживает его. Internet Explorer 7/8 вообще не поддерживает его, а IE9 имеет лишь частичную поддержку автономного хранилища. Internet Explorer 10, однако, получит раннюю поддержку. Я бы просто прикрепил туда сообщение для пользователей IE, в котором он говорил (вежливо, конечно), чтобы получить настоящий браузер.