Вы можете расширить OverlayItem вашим собственным классом и хранить всю информацию внутри него.
MyOverlayItem<Data> myMarker = new MyOverlayItem<Data>(geoPoint, "", "");
myMarker.setID(0);
Также вам нужно расширить ItemizedOverlay
и добавить маркеры в ваш MyOverlayMarker