Описанные методы шифрования - блочные шифры с симметричным ключом.
Стандарт шифрования данных (DES) - предшественник, шифрующий данные в 64-битных блоках с использованием 56-битного ключа. Каждый блок зашифрован изолированно, что является уязвимостью безопасности.
Triple DES расширяет длину ключа DES, применяя три операции DES для каждого блока: шифрование с ключом 0, дешифрование с ключом 1 и шифрование с ключом 2. Эти ключи могут быть связаны.
DES и 3DES обычно встречаются при взаимодействии с устаревшими коммерческими продуктами и услугами.
AES считается преемником и современным стандартом. http://en.wikipedia.org/wiki/Advanced_Encryption_Standard
Я считаю, что использование Blowfish не рекомендуется.
Настоятельно рекомендуется не пытаться реализовать собственную криптографию и вместо этого использовать высокоуровневую реализацию, такую как GPG для данных в покое или SSL / TLS для данных в пути. Вот отличное и отрезвляющее видео об уязвимостях шифрования http://rdist.root.org/2009/08/06/google-tech-talk-on-common-crypto-flaws/