Попробуйте использовать glDepthMask ():
//Render all opaque objects
glDepthMask(false); //disable z-testing
//Render all transparent objects*
glDepthMask(true); //enable z-testing (for the next frame)
* Технически, вы должны визуализировать прозрачные объекты сзади вперед, но это редко заметно, если вы этого не сделаете.