Зависит от того, какой тип сервера вы используете, но вы можете запустить SVN (Subversion). Существует плагин для Eclipse, Aptana и Zend Studio, если вы используете его для разработки.
По сути, у вас может быть репозиторий разработки, который находится на сервере. Вы должны перенести свой код в локальную среду и зафиксировать его после изменений. Затем вы можете настроить другой репозиторий, содержащий ваши оперативные данные или производственные данные, связанные с вашим репозиторием разработки.
Когда вы хотите обновить оперативные данные, вы просто обновляете их, чтобы в случае возникновения проблем вы могли откатить этот код без необходимости откатывать свой код разработки. Как только вы добьетесь хороших результатов, вы сможете начать разветвлять и маркировать свои проекты.
Я лично использую SVN и Git, но я предпочитаю Git, потому что он работает намного лучше. Хотя, если вы используете Windows, инструменты командной строки просто не совпадают с linux.