Вероятно, это связано с тем, что первое правило соответствует /ajax/
запросам и переписывает его в /process_lite.php
, поэтому RewriteCond %{REQUEST_URI} !^ajax
не совпадает, поскольку URI теперь является process_lite.php. Используемое вами регулярное выражение в любом случае не будет совпадать, потому что переменная REQUEST_URI будет начинаться с косой черты. Вы можете попробовать изменить условие на:
RewriteCond %{REQUEST_URI} !^/process_lite.php
Кроме того, правило "ресурсов", похоже, ничего не делает, кроме завершения перезаписи, вы можете изменить его на это, если это цель:
RewriteRule ^resources/ - [L]