Да, могут, если вы столкнетесь с проблемами и используете SOAP, это, скорее всего, будет связано с версиями в заголовках безопасности.Если это так, вы можете настроить WCF на использование пользовательского связывания (конечно, то же самое относится и к стороне Java).Отдыхать проще.
Оформить заказ http://www.soapui.org/. Он написан на Java и может общаться как с помощью Rest, так и с помощью Soap.