Вы можете использовать поиск для этого.
http://jahaines.blogspot.com/2009/09/ssis-only-inserting-rows-that-do-not.html
Редактировать: если вам нужно объединить данные из двух таблиц, затем объединить два источника данных с помощью компонента слияния, а затем использовать поиск после таблицы слияния. Если у вас есть дубликаты в объединенных данных, вы можете использовать компонент сортировки между слиянием и поиском и установить флажок, чтобы удалить дубликаты. Однако следует помнить, что использование компонента сортировки является дорогостоящим с точки зрения использования ресурсов.
Еще один способ сделать это - поместить все данные из двух таблиц в одну промежуточную таблицу на принимающем блоке SQL. Затем запишите сохраненный процесс, чтобы вставить только новые строки в рабочую таблицу, и, наконец, обрезать промежуточную таблицу. Я бы вызвал SP из потока управления как задачу выполнения SQL.
Лично я бы использовал метод промежуточной таблицы, поскольку метод проб и ошибок показал, что для меня это проще и эффективнее. Никаких дорогих сортировок и поисков не требуется (поиск не дорогой), но работа на основе множеств в SP - это то, что движок SQL любит делать.