Но везде я обнаружил, что код редактируется в файлах .m и .h. Никто не объяснил, как его использовать.
Это потому, что вы можете напрямую использовать MPMoviePlayerController только из нативных приложений (написано в Objective-C). Для любой другой технологии вам понадобится промежуточный уровень между ними.
Из Google, я нашел этот плагин для PhoneGap, который претендует на интеграцию с MPMoviePlayerController. Я понятия не имею, хорошо ли это, но это может послужить отправной точкой.