У меня было это, когда я перемещал свой проект из Dropbox в локальную ФС. Каким-то образом все файлы указывают на локальную FS, но не на главное верхнее пространство xcworkspace в XCode, которое все еще указывало на Dropbox.
Таким образом, в XCode я изменяю его местоположение в «Идентичность и тип» на правой панели на локальную папку проекта, где находился файл xcworkspace. Это дало мне вид папки в верхней части, как у вас.
Я мог решить эту проблему только путем ручного редактирования содержимого .xcworkspacedata на локальной ФС;
location = "group:">
location = "group: /Users/rbollen/Downloads/myApp/myApp.xcodeproj">