Это нормальный байт-код .NET, который развернут на телефоне?
Да.
Если да, есть ли на телефоне какой-нибудь JIT-компилятор?
Да, он содержится в CLR. Это мобильная версия настольной CLR, которая работает на телефоне, но это тот же принцип. JITer переводит код MSIL в собственный код во время выполнения.
Android поддерживает как собственный, так и управляемый код. Если вы используете управляемый Java-код, во время выполнения происходит виртуальная машина и компиляция байт-кода.
Objective-C для iPhone отличается, поскольку это уже нативный код, который не требует дальнейшей компиляции.