Я столкнулся с той же проблемой сегодня, с немного другой средой, хотя. Я использовал Emacs 24.3.1 в Windows 7, затем переключился на ту же версию, работающую под Cygwin + XWin, с той же конфигурацией .emacs.d. Хотя буфер обмена под Windows работал нормально, с конфигурацией, которая была у меня под Cygwin / XWin, у меня была та же проблема, что и в вопросе.
Под терминалом все работало нормально, с XWin -Q тоже работал, поэтому после небольшого копания оказалось:
;; MS Windows clipboard is UTF-16LE
(set-clipboard-coding-system 'utf-16le-dos)
Я не помню, почему я добавил это. Я, должно быть, скопировал это из некоторых Emacs Wiki в первые дни. Когда я гуглял сейчас, это похоже на популярную настройку в конфигах людей. Оказывается, в Windows мне не нужна эта строка, чтобы буфер обмена работал должным образом с Emacs (быстрая проверка с использованием некоторых диакритических символов), а в Cygwin / XWin он наконец начал работать.