Одним из способов будет включение предпочтения, которое указывает версию приложения, которое в последний раз обновило предпочтения. Затем, когда ваши обновленные приложения запускаются в первый раз, они могут проверить это значение предпочтения, увидеть, что оно старше, и выполнить все необходимые обновления существующих предпочтений.