ORDER BY FIELD () позволяет сортировать строки по пользовательским значениям, поэтому это должно работать:
SELECT id, name
FROM folders
WHERE memberid='$session_userid'
ORDER BY FIELD( id, '12345' ) DESC , name ASC
Если вам нужно, чтобы сначала были перечислены 2 папки (скажем, id1 = '12345' и id2 ='23456') запрос будет
SELECT id, name
FROM folders
WHERE memberid='$session_userid'
ORDER BY FIELD( id, '12345' , '23456' ) DESC , name ASC
РЕДАКТИРОВАТЬ: Добавлено "DESC" в ORDER BY FIELD ().ASC по умолчанию, папка с id = "12345" будет указана последней!