После гораздо большего осмотра я нашел решение. Это специфическая проблема ОС. Когда файл удаляется в Linux (или Macintosh), он просто отменяет связь. (Я не знал об этом)
Поэтому, если вы запустите lsof на компьютере, он все равно покажет файл как открытый.
[user@machine]$ lsof | grep --color -i "testing.txt"
python26 26495 user 8w REG 8,33 23474 671920 /home/user/temp/testing.txt (deleted)
Решение состоит в том, чтобы определить поток в python.
stat = os.fstat(fs.fileno())
Что даст вам количество ссылок, которые у него есть.
if stat.st_nlink < 1:
#has been deleted
И вот, пожалуйста. Теперь вы знаете, если вы должны перезагрузить его или нет. Надеюсь, это поможет кому-то еще.