Не уверен, какой тип VPN вы используете, но такой эффект обычно связан с настройкой VPN, которая направляет весь ваш трафик через VPN. Вы можете обойти это, обновив таблицы маршрутизации, чтобы направлять трафик на github обратно через интерфейс Ethernet (я полагаю), а не через VPN.
Например, route add 65.74.177.129 eth0
будет направлять трафик на github через eth0. Это синтаксис Linux; В Windows также есть команда «route», которая в целом похожа.
(Это на самом деле не специфическая проблема для git, и на самом деле вы должны быть в состоянии продемонстрировать проблему, пытаясь подключиться к порту 22 github.com с любым клиентом, таким как telnet, nc или PuTTY: sshd обычно распечатайте баннер с номером версии сразу после подключения)