Хотя я никогда не пробовал это сам для MySql, я ожидал, что это будет возможно при условии, что вы сможете создать источник данных с поддержкой XA.
Этот вопрос подразумевает, что MySql поддерживаетXA.
Одна проблема, с которой вы можете столкнуться, заключается в том, что вам нужно работать в среде, способной работать с транзакциями XA.(в действительности вы выполняете распределенную транзакцию по двум базам данных, потому что вы используете два отдельных соединения) Я привык работать на сервере приложений Java EE, и поэтому сервер выступает в роли координатора транзакций, я не уверен, что произойдетв автономной программе Java.