Обычно вы используете пользовательский MembershipProvider, когда хотите изменить источник данных (например, с sql на xml). Реализуя MembershipProvider, вы можете переопределить методы Providerbase и изменить, например, где членство будет проверять, существует ли пользователь или где его хранит.
Таким образом, ответ - да, вы можете, но есть несколько недостатков. Членство в Asp.Net обычно является частью приложения и должно выполняться в одном домене, в отличие от механизма аутентификации (например, OpenId или Shibboleth). Это означает, что вы можете обернуть ваш MembershipProvider вокруг Shibboleth, но у вас могут возникнуть некоторые методы, которые не поддерживаются этим провайдером (например, функция сброса пароля). Наличие поставщика данных для членства на вашей стороне приложения гарантирует, что вы получите полный контроль над ним. Вы можете использовать членство в Asp.Net на своем веб-сайте для управления пользователями / ролями, входом в систему / выходом из системы и интеграции Shibboleth в качестве внешней службы аутентификации. Попробуйте взглянуть на то, как DotNetOpenAuth работает.