Существует несколько сценариев использования EJB через TOMEE (включая OpenEJB), если у вас есть файл EAR (состоящий из JAR и WAR) для развертывания, вам необходимо сначала активировать папку APP в установленной (означает скопированной) папке TOMEE, затем вы просто поместите файл EAR в папку APP, и TOMEE распакует его и будет правильно развернут.