Да.
Если вы запускаете свой сервер с открытым портом отладки, добавив это в команду Java:
-Xdebug -Xrunjdwp:transport=dt_socket,address=127.0.0.1:8888,server=y,suspend=n
И у вас есть исходный код в вашем проекте (техническиэто не обязательно, но это бесполезно, если вы этого не сделаете), вы можете подключиться к работающему серверу, настроив «конфигурацию отладки» с host = машина, на которой работает сервер, и port = 8888 (например, см.параметры выше)
После этого вы можете установить точки останова, и сеанс отладки остановит сервер на нем, а также вы можете проверить переменные / поля и даже установить их значения.
Обновление
Более современные опции командной строки для JVM, чтобы сделать это:
-agentlib:jdwp=transport=dt_socket,address=127.0.0.1:8888,server=y,suspend=n