В этом случае у меня все еще будет коллекция категорий и указатель ObjectId на другую коллекцию, чтобы вы могли иметь единый основной список всех категорий, но в то же время иметь встроенную категорию в документе, чтобы вы могли может выполнять поиск на основе этого. У вас не будет полных отношений, но вы можете отслеживать доступные категории в одном месте.
IMO, философия монго не в том, чтобы избавиться от всех отношений, а просто иметь их там, где это имеет смысл.