Некоторые метки устанавливаются и обновляются автоматически Vim, другие (например, именованные метки a-z) доступны для вас (хотя некоторые плагины могут использовать их и для своих целей).
Существует команда :delmarks, и вы можете контролировать, какие и сколько меток будут сохраняться при вызовах Vim с помощью параметра конфигурации 'viminfo'.