EclipseLink / TopLink всегда позволял внешним ключам преднамеренно указывать на любое поле таблицы, поскольку первичные ключи объекта не обязательно должны быть pks, используемыми в таблице, - подойдет любой уникальный идентификатор.
Просто предположение, но использование первичного ключа могло бы быть одним из способов спецификации JPA, чтобы обеспечить применение уникального идентификатора, и отсутствие использования pk также имеет другие последствия для производительности, поскольку кэширование / идентификация объекта обычно выполняется только с использованием первичный ключ - так что это может привести к дополнительным попаданиям в базу данных.