Очень неприятно, когда что-то работает в режиме отладки, но не работает в Release! Чтобы разобраться в различиях времени выполнения, я хотел бы рассмотреть возможность использования бесплатного инструмента ProcMon от SysInternals: http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb896645
Загрузите и запустите ProcMon для захвата всего реестра и доступа к файлам. Запустив его, откройте свой веб-сайт в режиме отладки и успешно запустите пакетный файл через веб-службу. В ProdMon прекратите захват (нажмите CTRL-E для запуска и остановки захвата) и нажмите CTRL-F для поиска «mybatch.bat».
Вы должны найти несколько строк - обратите внимание на связанный процесс (вероятно, «w3wp.exe») и обратите внимание на операцию, путь и результат каждой строки. Вы можете отфильтровать результаты - просто щелкните правой кнопкой мыши на имени процесса и выберите «Включить w3wp.exe».
Когда вы будете готовы увидеть случай сбоя выпуска, очистите трассировку (CTRL-X), переведите веб-сервер в режим выпуска и снова запустите трассировку. Теперь нажмите ваш веб-сервис ... как только он потерпит неудачу, остановите вашу трассировку (CTRL-C) и просмотрите ее, чтобы увидеть, что именно в случае сбоя. Как только вы это узнаете, вы сможете сосредоточиться на решении этой проблемы - особой разницы между отладкой и выпуском. Вероятно, ответ будет в документации, на которую указал Яхья: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/system.diagnostics.processstartinfo.aspx
Удачи и скажи использовать то, что найдешь!