Можно без проблем использовать несколько слоев доступа к базе данных в одном приложении.С точки зрения читаемости / удобства обслуживания рекомендуется использовать только один.Если вы не видите достаточно хорошую производительность от PDO, то можно использовать mysqli_ для чувствительной к производительности части вашего приложения, если вы понимаете, какой компромисс вы делаете.Запустите несколько простых тестов, чтобы доказать свою правоту.Также имейте в виду, что если вы используете PDO и mysqli_ для подключения к одной и той же базе данных на той же странице , вы создадите дополнительное подключение к базе данных.Еще одна вещь, чтобы иметь в виду;Независимо от того, какой уровень доступа к вашей базе данных, настоятельно рекомендуется использовать параметризованные запросы для защиты от внедрения SQL.Параметризованные запросы поддерживаются как в PDO, так и в mysqli _.