Насколько я знаю, phonegap не может работать с PHP, потому что ему нужен сервер, он может использовать только HTML и JS, который работает на клиенте.
Вы можете создать пустое приложение для iPad с веб-интерфейсом.Контейнер для этого URL или сделайте предоставленный сайт WebApp (определенные метатеги для iOS).